金峯山寺的本堂藏王堂（國寶）也被列為世界遺產，御本尊為日本最大秘佛的金剛藏王權現，為一修驗道寺院。其起源據說是白鳳年間（7世紀後半）始祖役行者於大峯山山上岳進行一千天的修行後，悟見金剛藏王大權現，因此將其容貌刻劃在山櫻上，因而被祭祀於山上山下的藏王堂。自此以後，當地民眾視櫻花木為藏王大權現的神木，在祈願的同時種植櫻花木，因而使吉野山成為日本第一的櫻花名勝。1874年（明治7年），金峯山寺在明治政府禁止修驗道的政策下廢寺，爾後於1886年（明治19年）以天台宗佛寺之名再起。1948年（昭和23年）以藏王堂為中心建立金峯山修驗本宗，並作為修驗道總本山直至今日。