幕藩制度の過酷な支配体制を打ち破って王政を復古させようと行動を起こした志士達で、主将は明治天皇の前侍従中山忠光卿。総裁には、備前岡山出身藤本津之助（鉄石）、三州刈谷出身松本謙三郎（奎堂）、土州津野山郷出身吉村寅太郎の三総裁。そのほかに河内の豪農である水郡善之祐、土佐勤王党の那須信吾、大和中宮寺の侍講で国学者の伴林光平など、約80名の多彩な人達が加わっていました。文久3年8月14日、孝明天皇が攘夷祈願のために大和へ行幸すると仰せられたのをきっかけに決起し天皇の鳳輦を迎えようと、京都を出発。堺を経て、17日には大和五条の代官所を襲撃し、天領7万石余りを支配下にしました。ところが翌18日には「天皇の大和行幸の延期」「尊攘派公家の参内禁止」などからなる大政変が京都で起こり、皇軍の先鋒という大義名分も失われました。その後も再び大和行幸が行われることを信じ、十津川で兵を募って高取城を攻撃したり、各藩の追討軍を相手に各地で奮戦を続けましが、戦局は次第に不利なものとなりました。再起を誓いながらやむなく新宮から海路長州へ逃れようとしましたが紀州勢にはばまれてそれもかなわず、十津川村、下北山村、上北山村と北上し、川上村武木を経て足の郷峠越で東吉野村鷲家口における追討軍との最後の戦いで終焉を迎えました。徒労に終わっただけの暴挙と見られがちな天誅組の行動ですが、彼らの精神は5年後に明治維新となって実を結び、立派に受け継がれたのです。鷲家口で無念の最期を遂げた志士は今も村の人々の温かい手により守られています。

現在、五條市役所庁舎が建っている場所は、かつて天誅組によって焼き討ちにあった五條代官所があったところです。庁舎前の噴水池付近小庭園に、代官所跡を示す石碑が建てられています。

鈴木源内以下6名が葬られたこの墓は、地元の人々が資金を出し合って建立しました。墓石は5体ですが、葬られているのは鈴木源内、長谷川岱祐、高橋勇蔵、木村祐次郎、伊東敬吾、黒澤儀助の6名です。

江戸末期には五條代官所の長屋門だった建物。長屋門は平成15年9月、天誅組の足どりやゆかりの地などの資料が展示された資料館としてあらたに生まれかわり、五條市の歴史に触れていただけます。

医者として天誅組に参加した宜庵は五條の生まれです。天誅組敗戦のとき五條の津藩陣所に自首し、医師として従軍しただけという理由で一旦は釈放されますが、再逮捕され収容された京都六角獄舎で食事に毒を盛られて亡くなったとされます。その宜庵の墓が五條市役所近くの常楽院に建立されています。

明治維新の思想的リーダー。幕末維新期の儒学者森田節斉は、文化8年（1811）五條の医師文庵の子として生まれ、文政8年に京都に出て頼山陽に学びました。文政12年（1829）に江戸の昌平黌に入り、各地を歴遊したあと京都三条に塾を開いています。尊王攘夷や佐幕開国などで世論が騒然とするなかで起こった安政の大獄の際、吉田松陰はじめ彼の弟子や同志はその多くが処刑され、ついで起こった天誅組の変には彼の門人である乾十郎らが加わり、同じく多くの同志友人が斬られたのでした。節斉自身は明治維新の表舞台に出ることはありませんでしたが、思想面での指導者として多くの勤王志士に影響を与えています。

天誅組の五條代官所襲撃から櫻井寺を本陣とする手はずを整えたのは五條出身の医者、乾十郎でした。4歳にして孟子を諳んじるほどの秀才で、森田節斎・梅田雲浜に学問を学びました。大坂に出て町医を開業した後再び五條に戻り、吉野川に放流する材木に課せられる材木税を不当として紀州藩に撤廃を談じ込み成功させたり、容認はされなかったものの吉野川の水を大和平野に疎通させて灌漑設備を整えようと上書したりしています。

天暦年間（947～957年）、桜井康成の創建と伝えます。江戸時代末の文久3（1863）年、五條代官所を襲撃した天誅組は、この寺に本陣を構えました。境内には、討ち取った代官の首を洗ったという手水鉢（ちょうずばち）があります。