金峯山寺的本堂藏王堂（国宝）也被列为世界遗产，御本尊为日本最大秘佛的金刚藏王权现，为一修验道寺院。其起源据说是白凤年间（7世纪后半）始祖役行者于大峯山山上岳进行一千天的修行后，悟见金刚藏王大权现，因此将其容貌刻划在山樱上，因而被祭祀于山上山下的藏王堂。自此以后，当地民众视樱花木为藏王大权现的神木，在祈愿的同时种植樱花木，因而使吉野山成为日本第一的樱花名胜。
1874年（明治7年），金峯山寺在明治政府禁止修验道的政策下废寺，而后于1886年（明治19年）以天台宗佛寺之名再起。1948年（昭和23年）以藏王堂为中心建立金峯山修验本宗，并作为修验道总本山直至今日。